Syms Covington a 15 ans et vient d'être engagé à bord du Beagle, au service d'un mystérieux passager nommé Charles Darwin. C'est de son point de vue, naïf et juvénile, que va nous être conté le grand voyage autour du monde qu'entreprit en 1831 le naturaliste, alors inconnu. La quête se fait tantôt aventure héroïque et pittoresque, avec l'adoption d'un tatou tout à fait craquant û tantôt investigation policière, avec ses indices, ses fausses pistes et ses hypothèses.
Jusqu'à l'illumination finale où chaque pièce du puzzle trouve sa place et où se dessine la théorie qui allait changer la vision du vivant. L'amitié entre les deux hommes ne faiblira pas : Syms deviendra le fidèle assistant du célèbre savant.