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Fort de l'amour que lui ont transmis ses parents, Naruto franchit un nouveau cap sur la voie du ninja : il peut désormais contrôler le pouvoir du Démon-Renard qui sommeille en lui. C'est ainsi qu'il détecte la présence de Kisame, qui s'était habilement caché dans le sabre « Peau de Requin ». L'espion d'Akatsuki tente alors la fuite. Si son rapport parvient à ses chefs, c'est toute la stratégie de la coalition qui sera mise en péril.
Mais voilà que l'Ombrageuse Panthère de Jade se dresse sur le chemin du terrible squale pour la troisième fois !

La quatrième Grande Guerre ninja est sur le point de commencer ! L'armée coalisée de shinobis forme ses unités afin de faire face à Akatsuki. Gaara, qui compte bien protéger Naruto, prononce un discours enflammé afin d'encourager et de motiver les troupes !! De son côté, Kabuto s'allie avec Madara et utilise la Réincarnation des Âmes pour ramener à la vie de puissants ninjas !!

La guerre a commencé, et le conflit prend des proportions de plus en plus importantes ! L'armée coalisée de shinobis doit faire face à de puissants ninjas d'élite qui ont été ramenés à la vie. Le 1er bataillon, déployé en première ligne et mené par le commandant Darui, se retrouve nez à nez avec les frères Kinkaku et Ginkaku, deux ninjas légendaires du village caché des Nuages, qui manient des armes redoutables et possèdent du chakra de Kyûbi ! Quelle sera l'issue du combat...?!

L'heure du combat est proche ! Naruto apprend qu'il est l'enjeu de la guerre déclenchée par Madara. Iruka essaie de le retenir, mais Naruto, persuadé qu'il doit lui-même mettre un terme au conflit, se met en route pour le front ! En première ligne, où de violents affrontements continuent à faire rage, la nuit tombe, et les combats se poursuivent au milieu des ténèbres dans lesquelles se fondent les shinobis ennemis...!!

L'ancien Mizukage ramené à la vie par Akatsuki parvient à percer la défense de Gaara, réputée pourtant "impénétrable". Le Kazekage réplique par une attaque combinée avec Onoki, mais il est poussé dans ses retranchements par le Ninjutsu de son adversaire. Comment va-t-il se sortir de cette impasse ? Alors que ses clones déferlent sur toutes les lignes du front, Naruto est, quant à lui, attaqué par Madara !!

Même les cinq Kage réunis ne parviennent pas à faire plier Madara tant la puissance qu'il déploie est phénoménale... Tsunade prend alors la résolution d'enfreindre les préceptes du Ninjutsu Médical ! De leur côté, Itachi et Sasuke affrontent Kabuto afin d'interrompre Edotensei ! Les deux frères s'engagent côte à côte dans une lutte dont l'issue pourrait constituer un véritable tournant dans la guerre !

En neutralisant Kabuto, Itachi parvient du même coup à briser Edotensei, ce sort de nécromancie qui avait semé tant de troubles dans les rangs de la coalition. Mais la haine de Sasuke envers Konoha ne retombe pas pour autant. Avant de quitter cette terre, Itachi livre ses dernières paroles à son jeune frère. Sur l'autre versant du front, la bataille redouble d'intensité pour Naruto et ses amis... !!

Naruto et ses compagnons ont trouvé une faille dans la stratégie de l'homme masqué ! Après avoir découvert que sa technique de dématérialisation était reliée à "la Majesté Divine", Kakashi sent un malaise sourd le gagner. Naruto, de son côté, démontre toujours une foi inébranlable en ses amis. Il parvient à toucher l'ennemi et à lui arracher son masque.

Le combat contre Madara continue ! Alors que Madara a récupéré le Rinnigan, il réussit à capturer tous les bijûs ! Kyûbi a été arraché du corps de Naruto ! Est-ce la fin pour notre héros ? !

Gaï a engagé le combat contre Madara. Sasuke et Naruto sont aux portes de la mort... Heureusement, Obito est parvenu à reprendre le contrôle de son corps face au Zetsu Noir et a rejoint Sakura pour porter secours à Naruto... Notre héros sera-t-il sauvé à temps ?!

Naruto et Sasuke se retrouvent dotés d'un nouveau pouvoir que l'ermite Rikudo leur a transmis. Ils sont maintenant capable de sceller Kaguya ! Il leur reste tout de même à trouver un stratagème pour l'approcher ! De plus ils sont de nouveau séparés. Nos 2 héros réussiront ils à se retrouver et à mettre un terme au plan démoniaque de Kaguya ?

Grâce aux efforts de la team 7 et au sacrifice d'Obito, la paix est de retour !
Mais au grand dam de Naruto, Sasuke refuse de libérer les bijuus !
La confrontation semble donc inévitable entre Sasuke et Naruto...
Les deux rivaux d'antan décident de solder leur compte à travers une ultime confrontation dans la vallée de la fin.
Perplexe face à cette situation dérisoire, Kakashi songe au dénouement fatidique de cette bataille : « Qui de Naruto ou Sasuke triomphera ? »