Shinichi Kudô est un jeune lycéen détective dont le père est un auteur de romans policiers reconnu dans le monde entier. Doté d'un remarquable sens de l'observation, il résout de nombreuses affaires complexes. Un jour, alors qu'il se rendait à un rendez-vous amoureux avec Ran Mouri, son amie d'enfance, il surprend de mystérieux hommes en noir se livrant à du chantage. L'un d'eux le jette malheureusement à terre et lui fait avaler un poison inconnu jusqu'alors.
Cela ne tue pas Shinichi, mais le rajeunit de quelques années. Ayant désormais l'apparence d'un enfant de 7 ans, il décide de changer de nom pour celui de Conan Edogawa et cache sa réelle identité à Ran. Tout en continuant de résoudre des affaires de meurtre alentour, il recherche des indices pouvant le mener aux hommes en noir dans l'espoir de redevenir Shinichi Kudô.