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Parti en voyage avec Jiraya pour poursuivre son entraînement, Naruto est approché par deux renégats malveillants. Itachi, frère de Sasuke et Kisame Hoshigaki tentent d'enlever un Naruto pétrifié, mais Sasuke s'interpose.

Jiraya et Naruto, partis à la recherche de Tsunade pour lui demander de devenir le 5e nakage, rencontrent Itachi Uchiwa. Celui-ci terrasse sous leurs yeux son jeune frère Sasuke, avant d'échapper de justesse au puissant sortilège lancé par Jiraya.

Pour sauver ceux qu'il aime, Naruto, en très mauvaise posture, porte une attaque dévastatrice à Gaara. Après avoir atteint des sommets de violence, le combat à mort entre Orochimaru et Hokage arrive à son dénouement. Alors que l'assaut sur Konoha se termine, deux sinistres personnages s'approchent du village des compagnons.

Sasuke abandonne ses compagnons et quitte Konoha. A-t-il offert son âme à Orochimaru ? Le nouveau Hokage ordonne à Shikamaru, récemment promu ninja de "moyenne classe", de convoquer Naruto, Neji, Kiba et Chôji pour former un commando. Ces cinq jeunes combattants (et un chien) se lancent donc à la poursuite de Sasuke.!